Difference between revisions of "Anatomy Ontology Workshop"

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== General Information ==
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上海长方光仪器厂 金相显微镜 偏光显微镜 荧光显微镜 相衬显微镜 上海长方光仪器厂 金相显微镜 生物显微镜
  
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The National Center for Biomedical Ontology will host a two-day workshop focused on the Ontology of Anatomy. The workshop will take place on September 8-9, 2006 in Seattle. Preliminary discussions are posted [http://www.bioontology.org/wiki/index.php/CARO:Main_Page here]. Listserv archives are available [http://listserv.buffalo.edu/archives/ontology-of-anatomy-list.html here].
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上海:
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联系人：长方光学  刘明伟
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销售电话：021-68610355    68610299      68552328 
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传    真：021-50353995    68553577
  
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== Participation ==
 
  
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'''PLEASE NOTE THAT REGISTRATION IS CLOSED.'''
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北京:
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13811327378 (北京)          联系人:刘振远
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电话/传真: 010-67218063 
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http://www.68610299.com/polarze/xp500e-1.htm
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[http://www.shchfang.com/metal/BJX.htm 手持型金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/BX500.htm BX500便携式金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/4XA.htm 4XA双目倒置金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/4XB.htm 4XB单目倒置金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/4XC.htm 4XC倒置金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM20.htm CMM-20倒立金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM22.htm CMM-22倒置金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM60.htm CMM-60电脑显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM10.htm CMM-10正置金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM15.htm CMM-15透反射金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM10.htm CMM-10正置金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM15.htm CMM-15透反射金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM30.htm CMM-30反射金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM33.htm CMM-33数码金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM40.htm CMM-40暗场金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM50.htm CMM-50电脑型金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM55.htm CMM-55正反透射金相村料显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM70.htm CMM-70系列大平台金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM77.htm CMM-77大平台金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM80.htm CMM-80上海大平台金相显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/CMM88.htm CMM-88金属显微镜]
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[http://www.shchfang.com/metal/jxsoft.htm 金相分析软件]
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http://www.68610299.com/polarze/xpv201-1.htm
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http://www.68610299.com/polarze/xpn203e-1.htm
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[http://www.shchfang.com/metal/jxequip.htm 金相试样切割机
 +
[http://www.shchfang.com/metal/jxgb.htm 国标金相图谱]]
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[http://www.shchfang.com/metal/jxtuli.htm  金相各类图例]
 +
[http://www.shchfang.com/metal/jxby.htm 金相标准样品]
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[http://www.shchfang.com/metal/jxcl.htm 金相测量软件]
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[http://www.shchfang.com/metal/jxpj.htm 金相显微镜配件]
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[http://www.shchfang.com/metal/jxjs.htm 金相分析技术]
  
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If you have any suggestions or questions about the workshop, please don't hesitate to contact [[User:Neuhaus| Fabian Neuhaus]].
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[http://www.shchfang.com/polarze.htm 偏光显微镜]
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[http://www.shchfang.com/polarze/XPT7.htm XPT-7单目偏光显微镜]
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[http://www.shchfang.com/polarze/XP200.htm XP-200双目偏光显微镜]
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[http://www.shchfang.com/polarze/XP201.htm XP-201上海偏光显微镜]
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[http://www.shchfang.com/polarze/XP203.htm XP-203电脑型偏光显微镜]
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[http://www.shchfang.com/polarze/XP500.htm XP-500高精度偏光显微镜]
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[http://www.shchfang.com/polarze/XP600.htm XP-600偏振光显微镜]
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[http://www.shchfang.com/polarze/XP700.htm XP-700电脑型偏光显微镜]
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[http://www.shchfang.com/polarze/XPV201.htm XPV-201反光显微镜]
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[http://www.shchfang.com/polarze/XPV203.htm XPV-203透反射偏光显微镜]
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[http://www.shchfang.com/polarze/XPV300.htm XPV-300矿相显微镜]
  
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== Aim of the workshop  ==
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[http://www.shchfang.com/polarze/XPN100.htm XPN-100偏光显微镜热台]
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At the Workshop for the Ontology of Anatomy we want to gather researchers who are actively involved in the development and improvement of particular anatomy ontologies for a variety of organisms. Regardless of organism differences, if we use common methodologies and principles to build our ontologies then, ultimately, this will enable us to tackle the big issue: to recognize homologous anatomical structures of different species.
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[http://www.shchfang.com/polarze/XPN203.htm XPN-203偏光熔点测定仪]
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[http://www.shchfang.com/polarze/XPN300.htm XPN-300电脑偏光熔点测定仪]
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http://www.68610299.com/metal/4xce-1.htm
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http://www.68610299.com/metal/cmm30z-1.htm
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[http://www.shchfang.com/stereo.htm 上海长方光学仪器厂]
 +
[http://www.shchfang.com/stereo/PXS.htm PXS定倍体视显微镜]
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[http://www.shchfang.com/stereo/TXS.htm TXS双目体视体视镜]
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[http://www.shchfang.com/stereo/XTT.htm XTT变倍显微镜]
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[http://www.shchfang.com/stereo/XTZ.htm XTZ双目体视显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/stereo/XTL220.htm XTL-220连续变倍体视显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/stereo/XTL240.htm XTL-240大视场体视显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/stereo/XTL330.htm XTL-330电脑型体视显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/stereo/XTL340.htm XTL-340数码体视显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/stereo/XTL100.htm XTL-100体视电子显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/stereo/XTL200.htm XTL-200体视数码显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/stereo/XTL400.htm XTL-400高倍体视显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/stereo/XTL500.htm XTL-500测量体视显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/stereo/XTL600.htm XTL-600同轴照明体视显微镜]
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[http://www.shchfang.com/stereo/XTL700.htm XTL-700电脑型体视显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/stereo/XDP100.htm XDP-100大视野体视显微镜]
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[http://www.shchfang.com/stereo/XTL.htm 万向型体视显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/ 国产显微镜上海长方]
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[http://www.shchfang.com/biology.htm 上海光学仪器上海生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/36XC.htm 36XC学生生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP1C.htm XSP-1C生物显微镜原理]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP2C.htm XSP-2C双目生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP4C.htm XSP-4C上海生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP5C.htm XSP-5CV目生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP6C.htm XSP-6C双目生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP7C.htm XSP-7C偏光生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP8C.htm XSP-8C数码型生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP9C.htm XSP-9C透反射式生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP10C.htm XSP-10C三目生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP11C.htm XSP-11C生物电子显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP12C.htm XSP-12C生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP15C.htm XSP-15C倒置生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP17C.htm XSP-17C倒置式生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP18C.htm XSP-18C倒置生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP19C.htm XSP-19C电脑倒置生物显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/biology/XSP20C.htm XSP-20C研究级倒置生物显微镜]
 +
http://www.68610299.com/metal/cmm40e-1.htm
 +
http://www.68610299.com/metal/cmm55e-1.htm
 +
[http://www.shchfang.com/ 国产上海显微镜荧光显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/fluoro.htm 荧光显微镜]显微镜
 +
[http://www.shchfang.com/fluoro/CFM100.htm 数码生物荧光显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/fluoro/CFM100A.htm 电脑型生物荧光显微镜]显微镜
 +
[http://www.shchfang.com/fluoro/CFM200.htm 数码荧光显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/fluoro/CFM300.htm 三目落射荧光显微镜]显微镜
 +
[http://www.shchfang.com/fluoro/CFM330.htm 生物荧光显微镜]
 +
[http://www.shchfang.com/fluoro/CFM500.htm 倒置荧光显微镜]显微镜
 +
[http://www.shchfang.com/fluoro/CFM550.htm 电脑型荧光显微镜镜]
 +
[http://www.shchfang.com/fluoro/YGSOFT.htm 荧光显微镜图像分析软件]
 +
[http://www.shchfang.com/fluoro/FUJIAN.htm 荧光显微镜相关附件]
 +
[http://www.68610299.com/polarze.html 高品质偏光显微镜]
 +
[http://www.68610299.com/produce/polarze/XP-200.html XP-200双目偏光显微镜]
 +
[http://www.68610299.com/produce/polarze/XP-200E.html XP-200E数码偏光显微镜]
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[http://www.68610299.com/produce/polarze/XP-203.html XP-203电脑型偏光显微镜]
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[http://www.68610299.com/produce/polarze/XP-500.html XP-500高精度偏光显微镜]
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[http://www.68610299.com/produce/polarze/XP-600.html XP-600偏振光显微镜]
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[http://www.68610299.com/produce/polarze/XPV-201.html XPV-201反光显微镜]
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[http://www.68610299.com/produce/polarze/XPV-203.html XPV-203透反射偏光显微镜]
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[http://www.68610299.com/produce/polarze/XPV-300.html XPV-300矿相显微镜]显微镜
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[http://www.68610299.com/produce/polarze/XPN-100.html XPN-100偏光显微镜热台]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/produce/polarze/XPN-203.html XPN-203偏光熔点测定仪]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/produce/polarze/XPN-300.html XPN-300偏光温度测定仪]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/produce/polarze/XPSOFT.html 偏光公析软件]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/ 显微镜电脑型显微镜]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/metal.html 金相显微镜]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/produce/metal/BX-500.html BX-500便携式金相显微镜]显微镜
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[http://www.68610299.com/produce/metal/4XB.html 4XB立式金相显微镜]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/produce/metal/4XC.html 4XC立式金相显微镜]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-10.html CMM-10正置金相显微镜]
 +
[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-15.html CMM-15透反射金相显微镜]
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[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-20.html CMM-20台式金相显微镜]
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[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-22.html CMM-22倒立金相显微镜]
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[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-30.html CMM-30反射金相显微镜]显微镜
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[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-33.html CMM-33数码金相显微镜]显微镜
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[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-40.html CMM-40暗场金相显微镜]显微镜
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[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-50.html CMM-50电脑金相显微镜]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-55.html CMM-55材料显微镜]显微镜
 +
http://www.68610299.com/biology/8ce-1.htm
 +
http://www.68610299.com/biology/15cz-1.htm
 +
[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-70.html CMM-70大平台金相显微镜]显微镜
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[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-77.html CMM-77.html摄像金相显微镜]显微镜
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[http://www.68610299.com/produce/metal/CMM-88.html CMM-88金属显微镜]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/ 上海长方光仪器厂 ]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/metal.html 金相显微镜 ]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/polarze.html 偏光显微镜 ]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/biology.html 生物显微镜 ]
 +
[http://www.68610299.com/fluoro.html 荧光显微镜 ]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/hot.html 偏光熔点仪 ]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/stereo.html 体视显微镜 ]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/cube.html 立体显微镜 ]
 +
[http://www.68610299.com/video.html 视频显微镜 ]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/phase.html 相衬显微镜 ]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/check.html 检测显微镜 ]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/read.html 读数显微镜 ]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/metal.html 显微镜]
 +
[http://www.68610299.com/polarze.html 显微镜]
 +
[http://www.68610299.com/stereo.html 显微镜]
 +
[http://www.68610299.com/fluoro.html 显微镜]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/biology.html 显微镜]显微镜
 +
[http://www.68610299.com/phase.html 显微镜]显微镜
 +
http://www.68610299.com/biology/18ce-1.htm
 +
http://www.68610299.com/biology/20cz-1.htm
  
−
The main focus of this workshop is to pave the way for interoperability between the anatomical ontologies developed for various organisms (including human) by agreeing on shared methodologies for building our respective ontologies.
 
  
−
Its objectives are to develop:
+
[http://www.chfang.com.cn/ 上海长方光仪器厂高品质的金相显微镜]
−
 
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/produce.htm上 海长方光仪器厂产品信息]
−
1. a list of relations (especially part_of) used within anatomical anatomies, including definitions and rules for consistent use within anatomy ontologies ;
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/metal.htm 金相显微镜]
−
 
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/polarze.htm 偏光显微镜 ]
−
2. a list of major organizational units of biological organisms at all levels of granular partitions (e.g. biological macromolecule, cell, organ);
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/biology.htm 生物显微镜]
−
 
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/stereo.htm 体视显微镜]显微镜
−
3. a representation of developmental stages of organisms; are anatomy and development two separate or one single integrated ontology? If separate what are the relations between them and how should they be applied;
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/cube.htm 立体显微镜]显微镜
−
 
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/video.htm 视频显微镜]
−
4. a method that allows automated reasoners to recognize homologous anatomical structures of different species.
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/check.htm 检测显微镜]显微镜
−
 
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/measure.htm 测量显微镜]
−
In order to meet our objectives, we need to create a common anatomy reference ontology (CARO) designed to ensure interoperability of the anatomy ontologies developed for specific organisms. This common ontology will comprehend both top-level categories and a common set of relations to be used within anatomical ontologies; CARO will be embedded in a  set of principles for constructing anatomy ontologies for different organisms at different developmental stages. The discussion will be based on a pre-version of CARO.
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/tools.htm 工具显微镜]显微镜
−
 
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/read.htm 读数显微镜]显微镜
−
Issues to be addressed include:
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/image.htm 影像测量仪]显微镜
−
* The Range of CARO and its relation to species specific anatomies
+
[http://www.chfang.com.cn/ 上海长方光仪器厂高品质的金相显微镜]显微镜
−
* Relations and development in CARO
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/produce.htm 上海长方光仪器厂产品信息]显微镜
−
* The top level CARO universals
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/metal.htm 金相显微镜]显微镜
−
* Concrete steps to implement CARO
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/polarze.htm 偏光显微镜 ]显微镜
−
 
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/biology.htm 生物显微镜]显微镜
−
Please also see the CARO wiki for discussion notes and other information.
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/stereo.htm 体视显微镜]显微镜
−
http://www.bioontology.org/wiki/index.php/CARO:Main_Page
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/cube.htm 立体显微镜]显微镜
−
 
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/video.htm 视频显微镜显微镜
−
== Agenda and Links to Meeting Minutes and Powerpoint Presentations ==
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/check.htm 检测显微镜]显微镜
−
 
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/measure.htm 测量显微镜]显微镜
−
Minutes and Powerpoints posted on [[Shared_Materials#CARO_September_2006_meeting]]
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/tools.htm 工具显微镜]显微镜
−
 
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/read.htm 读数显微镜]]显微镜
−
Friday
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/projector.htm 测量投影仪]
−
 
+
[http://www.chfang.com.cn/produce/image.htm 影像测量仪]
−
*9: 30am Session I:  Principles of Ontology Design ([http://ontology.buffalo.edu/medo/CARO_Smith.ppt Smith], Mungall)
 
−
*2.00pm Session II: Current state of model organism anatomy ontologies (Haendel, Osumi-Sutherland)
 
−
 
 
−
*Saturday
 
−
*9.00am Session III: CARO a common anatomy reference ontology (Rosse)
 
−
*2pm Session IV: Intelligent grouping of curations and use cases (Haendel, Osumi-Sutherland)
 
−
*4pm Session V: Future Steps (Smith)
 
−
 
 
−
== Participants  ==
 
−
 
 
−
Stuart Aitken  -–  Artificial Intelligence Applications Institute, University of Edinburgh
 
−
 
 
−
Michael Ashburner -– NCBO, University of Cambridge
 
−
 
 
−
Thomas Bittner -– Philosopy, University at Buffalo
 
−
 
 
−
Judith Blake  -–  The Jackson Laboratory
 
−
 
 
−
Albert Burger -– Medical Research Council, Human Genetics Unit, Edinburgh
 
−
 
 
−
Rex Chisholm -– Center for Genetic Medicine, Northwestern University
 
−
 
 
−
Sherri De Coronado -– National Cancer Institute, Center for Bioinformatics
 
−
 
 
−
Louis Goldberg -– Oral Biology, University at Buffalo
 
−
 
 
−
Peter Good -– National Human Genome Research Institute
 
−
 
 
−
Melissa Haendel -– Zebrafish Information Network, University of Oregon
 
−
 
 
−
Marc Halfon  -– Biochemistry, University at Buffalo
 
−
 
 
−
Terry Hayamizu  -– The Jackson Laboratory
 
−
 
 
−
David Hill  -–  The Jackson Laboratory
 
−
 
 
−
Ira Kalet -– Radiation Oncology, Biomedical Informatics, University of Washington
 
−
 
 
−
Raymond Lee  -– Biology, California Institute of Technology
 
−
 
 
−
Jennifer Leopold  -– Computer Science, University of Missouri-Rolla
 
−
 
 
−
Suzanna Lewis -– NCBO, Lawrence Berkeley National Laboratory
 
−
 
 
−
Kitsos Louis -– Molecular Biology and Biotechnology, Foundation for Research and Technology-Hellas
 
−
 
 
−
Paula Mabee -– Biology, University of South Dakota
 
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Anne Maglia -– Biological Sciences, University of Missouri-Rolla
 
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Onard Mejino -– Structural Informatics Group, University of Washington
 
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Chris Mungall -– NCBO, Lawrence Berkeley National Laboratory
 
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Fabian Neuhaus -– NCBO, University at Buffalo
 
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Martin Ringwald -– The Jackson Laboratory
 
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Cornelius Rosse -– Structural Informatics Group, University of Washington
 
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Indra Neil Sarkar -– Invertebrate Zoology, American Museum of Natural History
 
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Nigam Shah -– NCBO, Stanford Medical Informatics
 
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Barry Smith -– NCBO, University at Buffalo
 
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David Osumi-Sutherland  -–  Genetics, University of Cambridge
 
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Pantelis Topalis -– Molecular Biology and Biotechnology, Foundation for Research and Technology-Hellas
 
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Ravensara Travillian -– Structural Informatics Group, University of Washington
 
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Peter Vize  -– Biology, University of Calgary
 
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Monte Westerfield -– Institute of Neuroscience, University of Oregon
 
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== Venue ==
 
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The event will be held in Seattle, WA.
 

Revision as of 01:28, 25 July 2008

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北京: 

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